Экспериментом стало произведение «Принцесса Мононоке», именно на нем Миядзаки начал пробовать внедрять компьютерные технологии. Для пейзажей фильма Хаяо, вместе с командой художников, отправились в леса острова Яку. Там они сделали зарисовки и фотографии природы для будущего фильма.
В этой картине Миядзаки вновь поднял экологическую тематику. Но это слишком поверхностное прочтение сюжета. На самом деле, «Принцесса Мононоке» – о бессмысленности войны. Нам привычно видеть деление персонажей на плохих и хороших, но в этом фильме нет такого. Каждый борется за жизнь, у всех своя правда. И хоть этот фильм направлен и на детскую аудиторию, Миядзаки не смог убрать жестокие кадры с кровью. Не ради рейтингов они были сделаны, а для того, чтобы показать, насколько война ужасна и страшна.
«Принцесса Мононоке» стала первым фильмом студии, получившим массовую известность за рубежом, в первую очередь в США.